BLUPF90 pere programmid

Algselt Ignacy Misztal ja kaastöötajad, Georgia Ülikool http://nce.ads.uga.edu/~ignacy/newprograms.html

BLUPF90 pere programmid on kogu tarkvara Fortran 90/95 segatud mudeli arvutuste tõuaretuses. Eesmärk tarkvara on nii lihtne, nagu maatriks, pakendi ja nii tõhus kui programmeerimiskeeles. Üldine kirjeldus, näed raamat CCB’99 töökoda, või vaata raamatut BGF90 kell  7 WCGALP.

Eest dispersiooni komponentide hindamine, pere pakub valikuid lihtne ja keeruline mudelid; vt paberi Usaldusväärne computing hinnangu dispersiooni komponendid. Alates 2009. aastast, kui programmid on järjest kohandatud genoomse valiku abil ühe-järgult (või ssGBLUP) Ignacio Aguilar ja Shogo Tsuruta.

Pere sisaldab:

Moodulid

SPARSEM – hõreda maatriksi manipuleerimine
– SPARSEOP – hõreda maatriksi toimingud, sealhulgas factorization ja inversioon
DENSEOP – tihe maatriks toimingud (T. Strabel)
– PROB – tõenäosus, et rutiin kasutamiseks läve mudelid ja Gibbs proovide võtmine
– GIBBS – toimingute kasulik andmetega manipuleerimist Gibbs proovide võtmine

Rakendused

Nad toetavad segatud mudelid, millel on mitu-korrelatsioonis toime, mitu katseloomade ja turgu valitsevat seisundit.
o BLUPF90 – BLUP mälu
o REMLF90 – kiirendatud EM REML
o QXPAK – ühine analüüs QTL ja polygenic mõju (M. Perez-Enciso)
o AIREMLF90 – Keskmine Teavet REML (S. Tsuruta)
o AIREMLRES – nagu eespool toetust erinevateks järelejäänud erinevused (T. Druet)
o CBLUP90 – Lahendusi bivariate linear-läve mudelid
o CBLUP90THR -nagu eespool märgitud, kuid piirmäärad arvutatakse ja paljud lineaarsed tunnused (B. Auvray)
o CBLUP90REML – nagu eespool märgitud, kuid peaaegu REML (B. Auvray)
o GIBBSF90 – lihtne blokeerida rakendamise Gibbs proovide võtmine
o GIBBS1F90 – nagu eespool märgitud, kuid kiirem, sest segatud mudeli võrrandite abil loodud ainult üks kord
o GIBBS2F90 – nagu eespool märgitud, kuid ühiste proovide korrelatsioonis toime
o GIBBS3F90 – nagu eespool toetust erinevateks järelejäänud erinevused
o POSTGIBBSF90 – graafiline vahend post-Gibbs analüüs (S. Tsuruta)
o THRGIBBSF90 – Gibbs -proovide tahes kombinatsioon kategooriline ja lineaarsed tunnused (D. Lee)
o THRGIBBS1F90 – Nagu eespool märgitud, kuid lihtsustatud (S. Tsuruta)
o RENUMF90 – renumbering programm, mis võib ka vaadata pedigrees ja määrata teadmata vanema rühmad; toetab suurte andmekogumite

Saadaval taotluse
o MRF90 – Meetod R programm sobib väga suurte andmekogumite; kontakt Tom Druet.
o COXF90 – bayesi tüüpi Cox mudel – kontakt Juan Pablo Sanchez (JuanPablo.Sanchez@irta.cat)
o BLUPF90HYP – BLUPF90 koos hüpoteesi testimine (F ja Chi2 testid) – kontakt Juan Pablo, nagu eespool

Kättesaadav ainult vastavalt teadus-leping
o BLUP90IOD – BLUP poolt iteratsiooni kohta andmeid toetada väga suurte probleemide (S. Tsuruta)
o BLUP90IODTHR – kui üle läve-lineaarsed mudelid
o ACCF90 – ühtlustamine mitme tunnuse täpsus
o BLUP90ADJ – Andmete preadjustment tööriist

Lisatud rakendused
o PREGSF90 � genoomse eeltöötluse käsku, mis ühendab geneetiliste ja sugupuu suhted (I. Aguilar)

Dokumendid

Mõned dokumendid on saadaval README faile allikas kaustad. Vt kommentaare omaduste mõned programmid. Vt Shogo Tsuruta lehekülge lehekülgi ja üksikuid kommentaare, iga programm. Kes on huvitatud programmeerimise pääseb märkmeid computing klassi Fortran 95.

Kasutustingimused

Programmid on tasuta teadustöö, vaid nende kasutamine peaks olema tunnustatud väljaannetes.

Jaotus

Allikad
Vanemad versioonid on saadaval, nagu Fortran 95 paketi allalaadimise ja koostamise Unix süsteemid. Erinevaid probleeme esinenud kasutades tasuta Fortran koostajad. Sel ajal, parim kompilaator tundub olevat Intel; see on tasuta mittekaubanduslikuks kasutamiseks, Linux.

Linux ja Mac ja Windows binaries executables

Kahendfaile Linux, Windows ja Mac on siin. Faili blupf90_win.zip sisaldab Windows executables + GNUPLOT; lisatud skripti fail määrab juurdepääsu kõik programmifailid ja graphing pakett.

Tugi
Piiratud abi on ette nähtud Shogo Tsuruta, Ignacio Aguilar, Ignacy Misztal. Genoomse toetus on peamiselt Yahoo rühma blupf90 � registreeruge aadressil http://tech.groups.yahoo.com/group/blupf90/. Ulatuslikumat abi leiavad külastada UGA.

Tagasi esilehele